A sacristia medieval, de ca. de 100 m², que se encontrava no topo do lado norte do transepto, foi substituída, no tempo do rei D. Manuel I (1495-1521), por uma sacristia nova, com ca. de 250 m², do lado sudeste da charola. Do outro lado do átrio de entrada, construiu-se, mais tarde, a capela do Senhor dos Passos. Tanto a sacristia como a capela foram destruídas durante o terramoto de 1755. Na sua reconstrução, conservaram-se os portais manuelinos, que são uns dos poucos elementos de construção deste estilo em Alcobaça. No final da sacristia encontra-se a Capela das Relíquias (ver acima).