En esta imagen de la cabecera se pueden observar las diferencias de planteamiento en el segundo periodo constructivo, tras la paralización de las obras. Esta segunda fase arrancaría en el 1092 con la llegada del maestro Esteban, el cual contribuyó a dar una mayor envergadura al conjunto de la cabecera.
Algunas de las novedades más importantes introducidas en este momento las encontramos en detalles como el cambio de planta en las capillas absidiales, optándose ahora por la poligonal, y la introducción innovaciones en el plano estilístico, como refleja el cambio de tratamiento en capiteles y modillones.