Das neue Zwerchhaus stammt von dem spätgotischen Zachariasbad am Weinmarkt, das abgerissen wurde. Wie die oberen Geschosse des Dürer-Hauses ist auch das Dachhaus in Fachwerk ausgeführt; es trägt
ein quer zum Hauptdach stehendes Satteldach.
Die romantische Tradition in der Dürer-Literatur hat die Rekonstruktion des Zwerchhauses auf dem Krüppelwalmdach unverzichtbar gemacht: Denn einer beliebten Spekulation zufolge, soll Dürer hier seiner Arbeit nachgegangen sein. Längst ist diese Vermutung als unwahrscheinlich zurückgewiesen worden, da es dort je nach Jahreszeit zu kalt, zu heiß, zu windig und zu eng ist.