Independientemente de las grandes series, Zurbarán realiza a lo largo de su trayectoria artística varios cuadros aislados de primer orden, cuadros de altar, entre los que destaca de manera especial este gran lienzo, que fue realizado, en 1631 por encargo de fray Alonso Ortíz Zambrano, rector del Colegio de Santo Tomás de Aquino de Sevilla, fundado en 1516 por fray Diego de Deza. El destino del lienzo fue el retablo Mayor de la Iglesia del mencionado Colegio.
La composición está bien resuelta, dividida en dos registros claramente diferenciados como era frecuente en la pintura sevillana desde fines del siglo XVI. En el plano inferior, que se corresponde con el ámbito terrenal se disponen de forma equilibrada dos grupos de personajes, a la derecha los miembros de la iglesia militante encabezada por el emperador Carlos V que Zurbarán representa arrodillado en su papel del protector del colegio, tras él se sitúan tres personajes sin identificar. A la izquierda el arzobispo y fundador del Colegio, fray Diego de Deza acompañado de tres dominicos.
En el centro, en una mesa recubierta por un suntuoso mantel de terciopelo de color rubí aparecen, la bula de fundación del colegio con sus estatutos, las firmas del rector y de sus conciliares así como la firma del propio Zurbarán y el año de ejecución del lienzo, 1631.
En el registro superior que corresponde al ámbito celestial aparece, ocupando el centro de la composición, Santo Tomás representado como “Doctor Angélico”, de pie sobre una base de vaporosas nubes, con el hábito negro y blanco de los dominicos y como atributos la pluma, el sol radiado y la cadena áurea. Sobre él el Espíritu Santo como inspirador de sus importantes tratados, representados éstos en el libro que porta en su mano izquierda. Acompañan al santo los cuatro Doctores de la Iglesia, por la izquierda, San Ambrosio y San Gregorio; por la derecha San Jerónimo y San Agustín. Completa este registro un luminoso rompimiento de gloria, en el que a los lados de la Paloma se disponen las figuras de Jesucristo y la Virgen así como las de San Pablo y Santo Domingo.