이 불상은 남산 용장골[茸長谷]에서 옮겨온 것이다. 화려한 2중의 연꽃대좌 위에 결가부좌하고, 오른손은 촉지인을 하고 왼손에는 약단지[藥壺]를 들고 있는 약사여래좌상이다. 1975년 동부동東部洞 옛 박물관에서 현재의 박물관으로 옮길 때 머리와 광배 일부를 접합하여 지금의 모습으로 복원하였다. 머리에는 육계가 솟아 있고, 얼굴은 풍만하며 목에는 삼도三道가 새겨져 있다. 법의法衣는 편단우견의 방식으로 입었다. 광배는 배 모양으로 두광과 신광의 안쪽에는 넝쿨무늬를, 그 바깥에는 넝쿨무늬 모양의 불꽃무늬를 조각하였다. 팔각의 연꽃대좌는 상대上臺를 2단의 앙련仰蓮으로, 하대下臺는 1단의 복련伏蓮으로 장식하였다. 긴장감이 떨어진 신체 표현과 장식성이 강조되어 화려하고 복잡해진 광배의 문양 등으로 보아 제작 시기는 8세기 말 내지 9세기로 추정된다.