La cappella delle reliquie conserva diversi reliquiari indorati e argentati contenenti frammenti delle reliquie di alcuni Santi che Ferdinando di Borbone raccoglieva in tutta Europa per esporli insieme ai loro ritratti nei giorni a loro dedicati. Vi sono inoltre paramenti liturgici e decorazioni dorate con immagini di putti. La cappella è arricchita da pitture a tempera e nella cupola vi sono decorazioni attribuite ad Antonio Bresciani.