Capela-mor da igreja

Esta capela foi mandada construir por D. Catarina, mulher de D. João III, em 1571. Traçada pelo mestre Jerónimo de Ruão, que aqui introduz a arte maneirista, contrasta em absoluto com o corpo manuelino da Igreja.

Neste local, nas arcadas abertas entre os pares de colunas laterais, encontram-se, assentes sobre elefantes de mármore, os túmulos de D. Manuel I e D. Maria, à esquerda (do lado do Evangelho) é de D. João III e D. Catarina à direita (do lado da Epístola). Ao fundo, por cima do altar-mor, encontra-se um retábulo com pinturas onde se representam cenas da Paixão de Cristo e a Adoração dos Magos, de autoria do pintor Lourenço de Salzedo (1572-1574).

Trabalho do ourives português João de Sousa (1674-1678), o Sacrário de prata foi oferecido pelo rei D. Afonso VI em acção de graças pela vitória alcançada na batalha de Montes Claros, em 1665 marcando, assim, a Restauração da Independência Portuguesa.