Der Messel-See war mit einem Durchmesser von etwa 1,5 Kilometern zwar nicht besonders groß, dafür aber mit ca. 300 Metern recht tief. Diese Form ist auf seinen vulkanischen Ursprung als Maarkratersee zurückzuführen: Als vor rund 48 Millionen Jahren heiß aufsteigendes Magma aus dem Erdinneren auf kaltes Grundwasser stößt, kommt es zu Wasserdampfexplosionen, die heiße Gase, vulkanische Aschen und Gesteinsmaterial durch einen schmalen Schlot aus der Erde katapultieren. Die Druckwellen des Vulkanausbruchs zerstören die Vegetation in einem weiten Umkreis und bilden neben einem Ringwall einen tiefen Krater. Dieser füllt sich nach der Explosion allmählich mit Grund- und Regenwasser und bildet einen Süßwassersee.
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