Francisco José de Caldas (1768-1816), natural de Popayán, inició su formación en su ciudad natal y la continuó en este Colegio Mayor, cuya beca vistió en 1788. Bachiller en Filosofía y Derecho canónico, sería luego catedrático de Matemáticas en 1809, por ausencia de Mutis. Por sus variados conocimientos se le ha llamado “Sabio” y las circunstancias lo hicieron prócer y mártir.