Francisco teve um forte impacto no Japão, tendo sido o primeiro jesuíta a lá ir em missão. Levou com ele pinturas da Virgem Maria e da Virgem com Jesus. Estas pinturas ajudaram-no a explicar o Cristianismo aos japoneses, já que a barreira de comunicação era enorme, visto o japonês ser uma língua diferente de todas as que os missionários tinham até aí encontrado.