Installation pour Bilbao (Installation for Bilbao), créée comme œuvre permanente pour l'édifice du Musée Guggenheim Bilbao conçu par Frank O. Gehry, reflète l'engagement croissant expérimenté par Holzer à la fin des années 1980 et durant les années 1990 vis-à-vis de l'espace architectural et, plus concrètement, de l'espace institutionnel du Musée. Pendant la rétrospective de son œuvre organisée au Solomon R. Guggenheim Museum de New York, les messages clignotants de plusieurs de ses séries parcouraient un écran LED installé sur le mur intérieur incurvé de la rampe en spirale du musée. L'Installation pour Bilbao de Holzer est formée de neuf colonnes à diodes luminescentes courant sur deux faces, chacune de plus de douze mètres de haut, divisant en deux l'une des hautes galeries irrégulières de l'édifice de Gehry. Les colonnes, qui vont du sol au plafond, forment une barrière imposante, mais perméable, dont la géométrie rigide contraste avec les courbes organiques de l'architecture environnante. Les aphorismes, transmis en basque, en espagnol et en anglais, sont une variation d'Arno, un texte originalement écrit pour un projet qui avait pour fin de collecter des fonds pour la recherche sur le SIDA et qui plus tard fut adapté pour une projection installée en 1996 dans un espace extérieur à Florence. Bien que le thème du SIDA amène un contexte immédiat et tragique, ces textes — comme par exemple « JE DIS TON NOM » et « JE GARDE TES VÊTEMENTS » — évoquent des thèmes universels comme l'intimité, la mort et la perte. En transportant son art de la rue aux enceintes muséales, Holzer s'adresse à une audience complètement différente des passants du commun. Néanmoins, et c'est le cas dans une grande partie de son œuvre, l'installation de Bilbao nous fait aussi réfléchir sur la frontière, fragile et tendue, qui sépare le privé du public.