Decyzję o przebudowie ołtarza głównego podjęto w 1968 r. aby spełnić nowy kanon liturgii przyjęty w trakcie Soboru Watykańskiego II. Usunięto malowidła naścienne, nowe prezbiterium zaprojektował architekt Czesław Sosnowski. Znajdujący się centralnie krzyż z figurą Chrystusa został wykonany według projektu mieszkającego w Milanówku bułgarskiego artysty Dymitra Petrova. Przebudowano stopnie ołtarza wraz z posadzką. Pojawił się marmurowy ołtarz.