Die meisten medizinischen Werke in der ‚Bibliotheca Bipontina‘ stammen aus der Sammlung des Zweibrücker Stadtarztes Johann Theophil Hoeffel (1704–1781), dessen Bibliothek Karl August ankaufte. Die Schriften sind meist in deutscher Sprache abgefasst und vertreten unterschiedliche Richtungen der Medizin, darunter die Anatomie und die Geburtshilfe.
Auf der antiken Lehre von den Körpersäften und volksmedizinischen Praktiken basiert die ‚Dreck-Apotheke‘ des Eisenacher Stadtarztes Paullini (1643–1712). Seine Empfehlungen zur therapeutischen Anwendung von Ausscheidungen waren schon bei seinen Zeitgenossen umstritten.