Finalmente, la gran ampliación de las naves y el crucero, tuvo lugar en la primera mitad del siglo XVII, promovidos por el Arzobispo Fray Pedro González de Mendoza, hijo de los primeros duques de Pastrana. La Colegiata alberga en su interior el magnífico Museo Parroquial, muy denso en contenido, destacando la colección de tapices del siglo XV, de estilo gótico flamencos de Alfonso V de Portugal, considerados por los expertos como obras únicas a nivel internacional por su singularidad y excepcionalidad.