O penúltimo rei da dinastia de Avis, desaparecido na Batalha de Alcácer-Quibir, em 1578, posa aqui aos 16 anos, pela primeira vez com armadura, e acompanhado por um cão, elemento que aproxima esta obra da iconografia estabelecida pelo retrato de Carlos V, pintado em 1530 por Jakob Seisenegger (Kunsthistorisches Museum, Viena).
D. Sebastião (1554-1578) havia sido criado na corte de Lisboa pela avó, a rainha D. Catarina, irmã de Carlos V, já que sua mãe, D. Joana de Áustria, recolheu ao convento das Descalzas Reales, em Madrid. As telas realizadas por Cristóvão de Morais eram enviadas regularmente por D. Catarina para completar a série de retratos familiares dos Habsburgos que D. Joana juntava no convento. O gosto por estas pinacotecas genealógicas espalhou-se por toda a Europa, sabendo-se que também D. Catarina constituiu no Paço da Ribeira uma galeria de retratos da Casa de Áustria.