II. Bayezid döneminde (1481-1512), 16. yüzyıl başlarında tesis edilen Ağa Kapısı Yeniçeri Ocağı’nın yönetim merkezi ve Yeniçeri Ağalarının ikametgâhıydı. Yüksek duvarların kuşattığı bu yapı kompleksi, resmî işlerin yürütüldüğü selâmlık ve Yeniçeri Ağası ile ailesini barındıran harem bölümlerinden oluşmaktaydı. İstanbul’un güvenliği buradan idare edildiği gibi, suç işleyen Yeniçeriler Ağa Kapısı’nda sorguya çekildikten sonra Haliç kıyısındaki Çardak İskelesi’ne indirilip buradan deniz yoluyla idam veya hapsedilecekleri yere götürülürdü. Birçok kere yangınlarda harap olan ve yeniden inşa edilen Ağa Kapısı Yeniçeri Ocağı’nın kapatıldığı Vaka-i Hayriye’yi (1826) müteakip 1827’de ilmiye teşkilatının merkezi olan Bâb-ı Meşihat’a devredilmiştir. Zengin mimari programı belgelerden tespit edilebilen ancak yerleşim düzeni ve mimari özellikleri bilinmeyen Ağa Kapısı bu panoramada, Haliç kıyısına paralel (doğu-batı doğrultusunda) gelişen devâsâ bir ahşap konağı andırmaktadır.