Dopo la fine dei lavori delle fondazioni, ovvero nella primavera del 1461, il cantiere prosegue con l’intervento di un personaggio vicino all’Alberti, l’ingegnere Giovanpietro Figino. Non è chiaro quante scale dovessero raggiungere il pronao e in che posizione. Sembra certa l’esistenza della chiesa inferiore nel progetto. Il Fancelli scompare dai lavori mentre l’Alberti manda nuove direttive. Dal 1470 in poi il ritmo delle opere segna un chiaro rallentamento. Quando nel 1478 Ludovico muore, l’impulso dato ad una costruzione che doveva rappresentare il tempio privato del Principe svanisce del tutto; nel 1488 la chiesa viene ceduta ai canonici Lateranensi. Costoro si incaricano comunque di realizzare il compimento della crociera. Il campanile risulta terminato nel 1569, mentre la consacrazione era già avvenuta nel 1529. Da notare che la loggetta collocata sul fianco corrisponde ad un intervento comunque rinascimentale, rimaneggiato nel 1882.