L’interno del Tempio è una strana commistione. Non soltanto venne costruito nel corso di un lungo cantiere punteggiato da ripensamenti, non soltanto venne rimaneggiato durante i secoli, presentando oggi una copertura diversa rispetto al progetto dell’Alberti. Il luogo cadde in abbandono, e venne nell’Ottocento usato in modo improprio dai militari austriaci della vicina caserma. Ma, dopo la terza guerra d’Indipendenza e il ritorno di Mantova nello Stato italiano, la cura delle autorità civili lo trasformò progressivamente in un Famedio, ovvero una sede di memoria dei caduti per la libertà.