La Cripta de la Colegiata de Pastrana es otro punto de excepcional interés artístico e histórico. Debajo justamente del presbiterio de la iglesia, en una zona subterránea, se halla la cripta panteón en la que se guardan los restos mortales de los duques de Pastrana y de numerosos familiares ilustres perteneciente al linaje de los Mendoza. Los sepulcros, colocados ordenadamente de dos en dos, a ambos lados del pasillo, están marcados con epitafios.