O Martírio de São Sebastião integrava um conjunto de pinturas destinadas a altares da Charola do Convento de Cristo, em Tomar. Pintor régio de D. Manuel e de D. João III, Gregório Lopes representa a passagem de uma certa hegemonia da cultura figurativa flamenga no período manuelino para uma rápida abertura, na década de 1530-40, a modelos italianos ou italianizantes.
No caso desta obra, é de assinalar a duplicação de pontos de fuga, de acordo com a visibilidade dominante no percurso circular da Charola de Tomar, artifício de representação que decorre da reflexão tipicamente renascentista sobre o método de construção da perspetiva.