La fabbrica della chiesa (1490-1519), diretta da Giliolo da Reggio prima e dal parmense Bernardino Zaccagni poi, si avvalse dell'intervento costante e accorto della committenza benedettina, cui spettano le responsabilità progettuali e le scelte che resero San Giovanni uno fra i primi edifici urbani aggiornati sulla sintassi rinascimentale. La facciata fu progettata successivamente, in stile già barocco, dall'architetto ducale Simone Moschino, ed eseguita tra il 1604 e il 1607 da Giovan Battista Carra da Bissone, parimenti autore delle sculture dedicate ai santi e abati dell'Ordine che la ornano. Domina il coronamento della facciata un'imponente aquila in rame, simbolo dell'Evangelista. Di poco successivo al prospetto è il campanile, attribuito al parmense Giovanni Battista Magnani, e realizzato nel 1618.