В начале XVII века, в период Смутного времени монастырь стал центром консолидации русского общества, а также вписал славную страницу в военную историю России. Обитель выдержала 16-месячную (1608-1609 гг.) осаду войск сторонников Лжедмитрия II. Южные врата Троицкого собора сохраняют отметину Смутного времени – отверстие, пробитое ядром осаждавших Лавру и не сломивших духа ее защитников.