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日本は有用な鉱物、植物、動物の知識を長らく中国から学んできた。江戸時代になると国内資源の調査が進み、さまざまな植物が栽培されるようになり、、品種改良もさかんに行われるようになった。その結果多くの農書や本草書などが出版され、西洋の知識も取り入れられ、その比較の中で本草学から近代的な博物館学へと展開していった。
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