Quem entra na Igreja do Convento da Madre de Deus fica deslumbrado com a grande riqueza da sua decoração. Não há espaço que não esteja coberto de azulejos, de talha dourada ou de pintura. A Igreja foi construída na década de 1550 por ordem do Rei D. João III e da sua mulher, D. Catarina de Áustria. Mas foi a descoberta de grandes minas de ouro e diamantes no Brasil, no século XVIII, que permitiu o seu embelezamento de tal forma que se tornou um exemplo do Barroco português em todo o seu esplendor. Depois do deslumbramento inicial, desce sobre o visitante uma sensação de serenidade e harmonia. É nesta altura que se deve sentar e oferecer a si mesmo um momento de contemplação e recolhimento. Percebe-se então que esta agradável sensação resulta afinal de um sábio equilíbrio de proporções, encontrado nesta igreja pela arquitetura maneirista do século XVI, feita "à maneira" dos edifícios romanos, com a sua planta retangular e os seus arcos. É o que aqui temos – um grande espaço retangular coberto por uma abóbada de berço, com chão de pedra branca atravessado por muitas filas de bancos corridos em madeira escura. Esta nave comunica com a capela-mor através de um grande arco perfeito, ladeado por dois outros mais pequenos, lembrando um Arco de Triunfo romano. Mas tudo parece ter sido pensado a uma escala humana, nem grande, nem pequeno demais. E é também pensando nas pessoas que três janelas, muito altas e estreitas, de cada lado da nave, deixam passar a pouca luz de forma suave, ficando o espaço numa semi-penumbra que convida à oração. Hoje, o visitante do Museu pode entrar na Igreja a partir do Coro Baixo do Convento por um lance de escadas aberto no século XIX, que não existia no tempo em que o convento era de clausura, porque o acesso à Igreja era vedado às freiras. Na parede da Igreja que foi rasgada pela escadaria, estava colocado um grande painel de azulejos holandeses representando Moisés no Monte Sinai, uma paisagem do que se imaginava ser o Egipto. Esse painel foi cortado e está agora dum lado e do outro da escada, razão pela qual o rebanho de ovelhas de Moisés se encontra separado, com o corpo de uma ovelha do lado esquerdo e a sua cabeça do lado direito. Até meia altura, a Igreja tem as paredes revestidas de painéis de azulejos holandeses, com desenho a azul sobre fundo branco, encomendados nos últimos anos do século XVII. Os da esquerda mostram uma paisagem de palácios, jardins e danças campestres, enquanto os da direita têm uma paisagem agreste, com frades a rezar. Pretendiam mostrar a quem vinha à missa os dois caminhos a seguir: a vida de prazeres ou a vida religiosa. O restante espaço das paredes e também o teto são completamente cobertos de pintura portuguesa, separada por talha dourada -madeira trabalhada sobre a qual se aplicou uma finíssima folha de ouro. Relativamente às pinturas, é interessante saber que o tema e o local onde foram colocadas não foram escolhidos ao acaso. Logo acima dos azulejos, as telas contam a vida de S. Francisco. Já mais afastadas do público estão as da vida de Santa Clara, fundadora da Ordem das Clarissas. No teto, portanto num plano celeste e divino, está representada a vida de Nossa Senhora, a Madre de Deus. A Igreja da Madre de Deus está aberta ao culto e é escolhida por muitos Lisboetas para a cerimónia do seu casamento.