El 16 d’abril de 1711 la capella de Sant Sebastià sofrí un incendi que destruí l’anterior retaule renaixentista. Ràpidament, es decidí reparar la capella i decorar-la amb un nou retaule projectat per l’escultor i arquitecte navarrès Francisco de Herrera.
El retaule de Sant Sebastià, d’estil barroc, conté les escultures de sants mallorquins i de diversos patrons menors de la Ciutat i del Regne de Mallorca: Santa Bàrbara i Santa Pràxedes, a les fornícules laterals; Ramon Llull i Sant Andreu Avel·lí, sobre els capitells; Sant Pere Nolasc i Sant Nicolau Tolentí, sobre les volutes; i Sant Sebastià, el sant titular, dins una fornícula, fermat a un arbre i assegetat. Sobre la figura de Sant Sebastià, destaca una tela que representa Santa Catalina Thomàs. I, a les portes laterals del retaule, apareixen representats els màrtirs Cabrit i Bassa, mentre que a la predel·la s’hi representa l’escena de la renúncia als honors del món per Sant Ignasi de Loiola.