Uno de los sucesos más oscuros y penosos por los que ha atravesado la Biblioteca Nacional del Perú, fue el incendio de su edificación ocurrido en la madrugada del 10 de mayo de 1943. Tras alrededor de 11 horas de trabajos, los bomberos lograron apagar las llamas. En el informe del comandante general de los bomberos, el Sr. Gustavo Michaels, menciona la pérdida de casi todas sus salas, así como de la mapoteca de la Sociedad Geográfica y el Instituto Histórico. Gracias a su denodada labor, lograron aislar del fuego al Archivo Nacional así como a las edificaciones colindantes a la biblioteca dentro de la manzana.