El 16 de abril de 1711 la capilla de San Sebastián sufrió un incendio que destruyó el anterior retablo renacentista. Rápidamente, se decidió reparar la capilla y decorarla con un nuevo retablo proyectado por el escultor y arquitecto navarro Francisco de Herrera.
El retablo de San Sebastián, de estilo barroco, contiene las esculturas de santos mallorquines y de varios patrones menores de la Ciudad y del Reino de Mallorca: Santa Bárbara y Santa Práxedes, en las hornacinas laterales; Ramon Llull y Sant Andreu Avel·lí, sobre los capiteles; San Pedro Nolasco y San Nicolás Tolentí, sobre las volutas; y San Sebastián, el santo titular, dentro de una hornacina, atado en un árbol y asaeteado. Sobre la figura de San Sebastián, destaca una tela que representa a Santa Catalina Thomàs. Y, en las puertas laterales del retablo, aparecen representados los mártires Cabrit y Bassa, mientras que en la predela se representa la escena de la renuncia a los honores del mundo por San Ignacio de Loyola.