Sorge lungo la via Ostiense, nell'omonimo quartiere, vicino alla riva sinistra del Tevere, a circa 2 km fuori dalle mura aureliane (da cui il suo nome) uscendo dalla Porta San Paolo. Si erge sul luogo che la tradizione indica come quello della sepoltura dell'apostolo Paolo. Per questo, nel corso dei secoli, è stata sempre meta di pellegrinaggi.