Fils d'Antoine Becquerel (X 1806 ; 1788-1878) et père d'Henri Becquerel (X 1872 ; 1852-1908), bien que reçu à Polytechnique Edmond Becquerel n'intègre pas cette école. À la suite de la création de l'École pratique des hautes études, il prend la tête du laboratoire de recherche en physique du Muséum.