A Sala do Capítulo tem esta denominação por servir às reuniões periódicas dos monges, as quais tinham o seu início com a leitura de um capítulo da Regra. Nessas reuniões, discutia-se a eleição dos priores, a recepção dos noviços é procedia-se à confissão pública das faltas.
Originalmente pensada para este efeito, a Sala do Capítulo nunca teve tal utilização pois a abóbada é decoração interior só foi completada no sec. XIX. A porta foi concluída nos anos de 1517-1518, tendo sido executada por Rodrigo de Pontezilha. Na sua decoração destacam-se duas imagens representando S. Bernardo é S. Jerónimo.
No centro da sala foi colocado, no século XIX, o túmulo de Alexandre Herculano delineado por Eduardo Augusto da Silva. Em 1940 é modificado, sendo deixada singelamente apenas a arca tumular. A Sala do Capítulo foi também utilizada como panteão de outros escritores é presidentes da República, até à finalização das obras na Igreja de Santa Engrácia. Convertida em Panteão Nacional, foram então para aí trasladadas as personalidades mais recentes da História de Portugal.