Il rosso delle cupole, elemento identificativo della città, non risalgono in realtà al periodo normanno, ma ai lavori di restauro condotti dall'architetto Giuseppe Patricolo sul finire dell'Ottocento. A seguito del ritrovamento di una traccia di intonaco rosso, l'architetto fece rivestire dello stesso colore le cinque cupole di San Giovanni degli Eremiti e, per analogia, anche quelle dei rimanenti monumenti normanni della città.