Церква була побудована архітектором Бернардом Меретином у стилі бароко в 1751-1758 роках за ініціативою львівського каноніка та архідиякона Щепана Міхальського. У 1946 році польську громаду насильно виселили з Годовиці, а церкву закрили. У 1974 році церква зазнала пожежі, яка знищила дах, розписані стіни та склепіння. Більшість скульптур Йогана Пінзеля були перевезені до Львівської картинної галереї в 1965 році.