Destinado essencialmente ao isolamento da comunidade monástica, era um local aprazível e sereno que permitia a oração, a meditação e o recreio dos monges da Ordem de S. Jerónimo.
Projectado por Diogo de Boitaca, que iniciou os trabalhos no começo do século XVI, foi continuado por João de Castilho a partir de 1517 é concluído por Diogo de Torralva entre 1540 e 1541. Pelo seu valor e simbologia, o claustro do Mosteiro dos Jerónimos representa um dos monumentos mais significativos da arquitectura manuelina. De duplo piso abobadado e planta quadrangular, apresenta na sua decoração a originalidade deste estilo, ao conjugar símbolos religiosos (elementos da Paixão de Cristo, entre outros), regios (cruz da Ordem Militar de Cristo, esfera armilar, escudo régio) e elementos naturalistas (cordas e motivos vegetalistas que coabitam com um imaginário ainda medieval, de animais fantásticos).
Na ala norte do claustro inferior encontra-se o túmulo de Fernando Pessoa, da autoria de Lagoa Henriques, executado em 1985.