O Coro-alto é anterior a 1551 pois, nesse ano, já é mencionado no relato da trasladação dos ossos de D. Manuel I. Este espaço destinou-se, entre outras, às actividades fundamentais dos monges da Ordem de São Jerónimo - orações, cânticos e ofícios religiosos - pois a Sala do Capítulo só ficou terminada no século XIX.
O cadeiral monástico, que ocupa quase todo o coro-alto, é “uma das obras mais belas que a carpintaria artística do Renascimento deixou entre nós” segundo Haupt. Tem desenho de Diogo de Torralva e foi executado por Diogo de Çarça, em 1548-1550. Os monges Jerónimos, que seguiam a regra de Santo Agostinho, permaneciam neste local sete horas diárias.
Sobre a balaustrada, está colocado um “Cristo Crucificado” com resplendor de prata, obra do escultor Philippe de Vries/Filipe Brias.
Nas paredes pode ver-se um conjunto de pinturas representando os apóstolos (só dez pois perderam-se duas telas em 1755) e ainda um S. Jerónimo é um Santo Agostinho, todos de autor desconhecido.
O varandim, que sofreu uma derrocada com o terramoto de 1755, foi reconstruído em 1883.