De proporció llatina i recoberta de plaques llises d’argent daurat, aquesta creu té els braços eixamplats cap als extrems i decorats amb medallons circulars, on hi ha l’única decoració figurada de l’objecte: deu plaques d'esmalt de baixa talla, amb els quals es configura, a l’anvers, un Calvari (Maria i Joan a cada banda del Crist crucificat, Adam sortint de la tomba als peus i el pelicà, símbol eucarístic, al capdamunt) i al revers, l’Anyell de Déu envoltat del Tetramorf. Durant una restauració duta a terme els anys 2016-2017, es van trobar dins els medallons superior i inferior dos petits conjunts de relíquies embolcallades amb teixits (un decorat amb aus) i acompanyades de dos pergamins que informen sobre restauracions dels segles xvi i xvii. L’any 2018 l’arxiver Joan Ferrer en va descobrir el contracte, que acredita que l’objecte va ser fabricat a Girona l’any 1388 per l’argenter Pere Serra a fi de reemplaçar la creu major del monestir de Sant Joan, en aquells moments molt malmesa.
La creu de Sant Joan es relaciona amb la de la col·legiata de Santa Maria de Vilabertran i la dita «de les Confraries» de la catedral de Girona per la seva forma arcaica combinada amb una execució estilística gòtica. Tots tres objectes, a més, van tenir les funcions de creu d’altar, processional i reliquiari. La creu de Sant Joan és, per ara, l’única del grup que té data i artífex coneguts, però el fet que es tracti de la reparació ‒o reproducció‒ d’un objecte més antic dotat de les mateixes funcions revela que es tracta d’actualitzacions tardanes d’una tipologia de creu triomfal derivada de la tradició bizantina i altmedieval.