Die Krypta der Stiftskirche ist eine geräumige Hallenkrypta mit reichem Bauschmuck. Neben den Grablegen des Herrscherpaares birgt sie eine Reihe wertvoller Äbtissinnengrabplatten und einzigartige spätromanische Gewölbemalereien. Die ältesten Grabplatten entstanden bereits in der 1. Hälfte des 12. Jahrhunderts. Sie zeigen die verstorbenen Kaisertöchter, die dem Stift als Äbtissinnen vorstanden (u. a. Beatrix I., Tochter Heinrichs III.) – als Ganzfiguren und gehören damit zu den ältesten überkommenen ganzfigurigen Grabplatten in Europa überhaupt.