La cupola del Battistero è stata affrescata nel terzo decennio del XIII secolo da maestranze padane, influenzate da modelli iconografici bizantini.
La volta è divisa in sei fasce orizzontali concentriche: nella prima fascia (partendo dal basso) sono raffigurati episodi della vita di Abramo, nella seconda è rappresentata la vita di Giovanni Battista; nella terza il Cristo glorioso con la Vergine e il Battista, circondati da una teoria di profeti e re; nella quarta gli Apostoli e gli Evangelisti; nella quinta la Gerusalemme celeste con le sue mura, cui segue il cielo con le stelle fisse e, infine, l’Empireo, rosso come il colore dell’amore. La cupola rappresenta la parte più rilevante del Battistero e costituisce un peculiare esempio di cupola ad ombrello: dall’apice nella chiave di volta si diramano sedici nervature disposte a raggiera.