En el mes de enero de 1889 comienzan las pruebas de mar que tendrían su día más importante en la simulación del ataque al crucero Colón, el 23 de Junio. A lo largo de estos meses se produjeron un gran número de incidentes, algunos relacionados con el submarino y otros que afectaban a Peral directamente. Sin embargo, tanto él como su submarino supieron superarlos.
El recién nombrado Ministro de Marina, Beránger, nombró una nueva Comisión Técnica la cual, a pesar del éxito de las pruebas del submarino, planteó una serie de condiciones de difícil cumplimiento con objeto de ralentizar o detener el proyecto. El Consejo de Marina dio carpetazo definitivo al proyecto, a pesar de los esfuerzos de Peral quien propuso, incluso el desarrollo de un submarino mayor.