In età paleocristiana l’intero settore meridionale della collina dei templi fu occupato da una grande necropoli, segno che il perimetro urbano si era notevolmente ridotto. Sulle stesse mura vennero ricavate tombe ad arcosolio, sormontate cioè da una nicchia ad arco scavata nella roccia, mentre nel sottosuolo, riutilizzando in diversi casi più antiche cisterne, furono scavati ipogei sepolcrali, tra i quali il più ampio è l’ipogeo Fragapane. Questa catacomba, dotata di un corridoio d’accesso scavato nella roccia, che attraversa la necropoli sub divo, si sviluppa da Nord verso Sud in una sequenza di rotonde, spesso derivate da cisterne di epoca greca riutilizzate per uso funerario; all’interno delle rotonde e dello stesso corridoi sono ricavate sepolture a cassa trapezoidale (formae) e ad arcosolio. Intorno all’ingresso di questo ipogeo è visibile un ampio settore di necropoli sub divo, cioè a cielo aperto.