С февраля по июль 1999 года Кондакова проходила подготовку в составе группы космонавтов «МКС-гр».
В июле 1999 года назначена бортинженером второго (дублирующего) экипажа МКС-3 и основного экипажа МКС-5 (вместо П.Виноградова), вместе с В.Корзуном. C 5 августа по декабрь 1999 года проходила подготовку к полету по программам МКС-3 и МКС-5. Была выведена из экипажа после избрания в Государственную Думу.