Im Unterschied zu traditionellen Konzertsälen, in denen die Orgel direkt über dem Orchesterpodium platziert ist, hat Scharoun das Instrument an die rechte Peripherie des Raumes gerückt. Die Orgel verfügt über 88 Register, vier Manuale sowie ein Pedal und kann sowohl über einen mechanischen, als auch einen mobilen elektrischen Spieltisch bedient werden. Sie stammt aus der Berliner Orgelwerkstatt Karl Schuke.