Dass die Kontroversen um den Paracelsismus, der sich gegen die klassische Humoralpathologie wandte, auch in Bamberg Aufmerksamkeit fanden, zeigt ein 1608 gedrucktes Recept, das schon in der Überschrift auf den umstrittenen Arzt hinweist.
Geprägt vom Paracelsismus veröffentlichte der Hofarzt Henning Scheunemann 1608 eine Pestschrift,
in der die Krankheit in Anlehnung an die Drei-Elemente-Lehre des Paracelsus als Morbus Mercurialis Contagiosus bezeichnet wurde.
Der Bamberger Arzt Sigismund Schnitzer und sein in Coburg tätiger Kollege Andreas Libavius standen den Lehren von Paracelsus kritisch gegenüber, interessierten sich aber wie dessen Anhänger für empirische Methoden. Schnitzers umfangreiche Korrespondenz zu medizinischen Fragen wurde 1626 postum von dem Arzt Johannes Hornung unter dem Titel Cista medica veröffentlicht.