L'église Saint-Bonaventure a été édifiée entre 1327 et 1471 sur ordre des religieux franciscains des Cordeliers dans le style gothique tardif selon un axe nord-sud inhabituel, pour la protéger des crues du Rhône. Son nom vient d'un général de l'Ordre, mort en 1274 durant le second concile oecuménique de Lyon. Saisie pendant la Révolution et transformée en halle aux grains, l'église a été rendue au culte en 1803 et restaurée par l'architecte Claude-Anthelme Benoît dès 1838. La transformation de la façade XVe a été liée à un projet global de rénovation du quartier mais ne correspondait plus à la façade très sobre du XIVe siècle, elle a ainsi beaucoup été critiquée au XIXe siècle.