Com cerca de 40 anos, Margarida Joaquina de Sousa foi citada nos autos da devassa da Conjuração Baiana, ou Revolta dos Alfaiates de 1798, composta por escravizados, pessoas negras livres, brancos e mestiços pobres que exerciam profissões como alfaiates, pedreiros e sapateiros. O movimento foi duramente reprimido pelas autoridades portuguesas. Margarida, que ganhava a vida pedindo esmolas em frente à Igreja do Senhor do Bonfim, foi “acusada de conspirar”, mas ao final do processo acabou inocentada do crime de lesa-majestade.