Auf der linken südlichen Seite des Domplatzes steht der gotische Chor der Marienkirche. Hier stand wahrscheinlich schon im 11. Jahrhundert noch vor der Errichtung des ersten Domes die älteste Pfarrkirche Naumburgs. Sie wurde 1343 zu einem Kollegiatstift erhoben und großzügig im gotischen Stil erneuert. Im Brand des Jahres 1532 brannte die Kirche bis auf den Chor vollständig ab.