Entre as salas de exposição, uma delas contempla dezenas de objetos indígenas, incluindo um quarup de Orlando Villas Bôas, cedido por sua família. O quarup é uma tora de madeira que, na cerimônia de mesmo nome que acontece no Xingu, representa o morto. Na sala também está um dos mais antigos objetos do museu: o tacape do século 16 que pertenceu ao índio Tibiriçá - o primeiro a ser catequizado por José de Anchieta.