Filho de um alfaiate com uma escravizada, ambos mestiços, José Maurício teve uma infância pobre e ficou órfão de pai aos seis anos. Muito jovem, aprendeu a tocar diversos instrumentos musicais e entrou para a ordem dos jesuítas. Aos dezesseis anos, compôs sua primeira obra, Totapulchra es, Maria (1783) – a primeira de muitas, entre modinhas, peças teatrais, sonatas e hinos. Em 1792 foi ordenado padre, e em 1798 tornou-se mestre de capela da antiga catedral da Sé do Rio de Janeiro. Com a instalação da Corte de D. João na cidade, em 1808, José Maurício foi nomeado mestre da Capela Real. A partir de 1820, quando do retorno do príncipe a Portugal, o Padre fundou um curso de música na rua das Marrecas. Em 1826, a essa altura novamente empobrecido, compôs uma de suas últimas peças, a Missa de Santa Cecília.