O espelho d’água que cerca o Museu é abastecido pela Baía de Guanabara e tem, ainda, uma função educativa: mostrar como funciona um sistema de filtragem. A água do mar é bombeada e filtrada - criando um microclima, mais fresco, ao redor do Museu - e depois retorna, mais limpa, à Baía. O sistema de resfriamento de ar-condicionado também reutiliza água.