A Sala do Capítulo foi iniciada em 1513, na campanha de obras de D.Manuel, pelo mestre Diogo de Arruda e continuada por João de Castilho. O piso inferior serviria para o Capítulo dos Frades e, o superior, dos Cavaleiros. Entre 1533 e 1545 foi renovada ao gosto renascentista até à suspensão ordenada por D.João III, e o edificio nunca foi concluído. Em 1581, Filipe II de Espanha, I de Portugal, reuniu as Cortes neste espaço, tendo sido aqui concretizada a união dinástica e jurado D.Diogo, seu filho, como príncipe de Portugal. Para este efeito foi concebida uma cobertura feita com velas de navios e revestidas as paredes com tapeçarias.