Decorada durante o reinado de D. João V, cerca de 1746, a Sacristia apresenta pavimento de cantaria calcária de várias tonalidades, criando um mosaico geométrico, e teto plano contendo uma enorme pintura a representar a "Assunção da Virgem", da autoria de André Gonçalves (n. 1692- m. 1762). As paredes são revestidas por azulejos policromos formando silhar, representando, num dos lados, as armas reais e, no outro, as franciscanas. Os painéis de azulejo encontram-se encimados por telas pintadas alusivas à vida de José do Egito. Destaca-se o grande arcaz de pau-santo do século XVIII, com espaldar contendo pinturas quinhentistas representando Santa Luzia, Santa Inês e Santa Catarina.